Erzincan Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü “Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanunu, Yükseköğretim Kanunu, Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu, Telsiz Kanunu ve 78 ve 190 sayılı kanun hükmünde kararnamelerde değişiklik yapılması hakkındaki  01.03.2006 tarihinde kabul edilen 5467 sayılı Kanununun 1. maddesi ile 28.3.1983 tarihli ve 2809 sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanununa ilave edilen Ek 63. madde ile ”Erzincan’da Erzincan Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı olarak kurulmuştur.

       16.03.2007 tarihinde Kurucu Müdür atanmasıyla Enstitü akademik anlamda faaliyete geçmiş ve üniversite bünyesinde bir yandan lisansüstü düzeyinde eğitim-öğretimini sürdürürken bir yandan da yapılanma çalışmalarına devam etmiştir. Fen Bilimleri Enstitüsü Yanlızbağ Yerleşkesinde Eğitim Fakültesi Binasının 2. katında faaliyetlerini sürdürmektedir.

    Kısa süre içerisinde idari ve akademik yapılanmasını tamamlayan Enstitü, 2007–2008 bahar yarıyılından itibaren İlköğretim Fen Bilgisi Eğitimi ve İlköğretim Matematik Eğitimi Anabilim Dallarında, 2008-2009 güz yarıyılından itibaren ise Fizik, Kimya, Biyoloji ve Matematik Anabilim Dallarında tezli lisansüstü programlarına öğrenci almıştır. Yükseköğretim Kurulu Başkanlığının  05.12.2011 tarih ve 051903 sayılı yazısı ile Enstitümüzün İlköğretim Anabilim Dalı Fen Bilgisi Eğitimi Doktora Programı,  Yükseköğretim Kurulu Başkanlığının  12.03.2013 tarih ve 12486 sayılı yazısı ile Enstitümüzün Biyoloji Anabilim Dalında Doktora Programı ve Yükseköğretim Kurulu Başkanlığının 04.07.2014 tarih ve 39879 sayılı yazısı ile Enstitümüzün Matematik Anabilim Dalında Doktora Programı açılmış bulunmaktadır. Yüksek Öğretim Kurulu Başkanlığının 23.08.2013 tarih ve 45719-6252 sayılı yazısı ile Üniversitemiz ile Atatürk Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüleri bünyesinde Ortak Lisansüstü Programı açılması ve yürütülmesine ilişkin hazırlanan protokol kapsamında Elektrik-Elektronik Mühendisliği, İnşaat Mühendisliği ve Makine Mühendisliği Anabilim Dallarında tezli yüksek lisans programı açılmış bulunmaktadır. Halen yeni programlar açılmasına ve lisansüstü öğrenci alımı için Yüksek Öğretim Kurulu nezdinde çalışmalar devam etmektedir. Enstitü bünyesinde Bilimsel Hazırlık programlarında 5, Yüksek Lisans programlarında 439,  Doktora programında 20 olmak üzere toplam 464  öğrenci öğrenim görmektedir. Bugüne kadar enstitümüzden 86 öğrenci mezun olmuştur.